台灣勞動部會不定期實施勞動檢查，且多採突擊方式進行，當勞動檢查員到訪時企業往往必須立即應對。
2025年《勞動基準法》違規情形如下。
此外違規企業將被公告於勞動部網站，對企業招募人才及穩定僱用皆可能造成影響，因此平時應特別重視法令遵循（Compliance）。
（勞動部官方網站）：https://announcement.mol.gov.tw/
勞動基準法違規情形 全國
期間 2025/01/01～2025/12/31
件數 共11,108件（下表為前7大違規項目，約占整體64%）←較去年增加2,769件
| 項目 | 件數 | 罰鍰（元） | 法源依據 | |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 工資未全額給付 | 1,524 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第22條第2項 |
| 2 | 加班時數超過法定上限 | 1,158 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第32條第2項 |
| 3 | 出勤紀錄不完整 | 1,093 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第30條第6項 |
| 4 | 未依法給付延長工時工資 | 875 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第24條 |
| 5 | 休假日不足 | 874 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第36條第1項 |
| 6 | 未依法給付加班費 | 816 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第24條第1項 |
| 7 | 未依法定假日加班費加給倍率計算工資 | 730 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第39條 |
勞動基準法違規情形 台北市
期間 2025/01/01～2025/12/31
件數 共1,757件（下表為前7大違規項目，約占整體69%）
| 項目 | 件數 | 罰鍰（元） | 法源依據 | |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 休假日不足 | 237 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第36條第1項 |
| 2 | 未依法給付加班費 | 222 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第24條第1項 |
| 3 | 工資未全額給付 | 210 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第22條第2項 |
| 4 | 加班時數超過法定上限 | 138 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第32條第2項 |
| 5 | 休息日工資給付不足 | 136 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第24條第2項 |
| 6 | 出勤紀錄不完整 | 134 | 2萬~150萬 | 勞動基準法第30條第6項 |
| 7 | 拒絕接受勞動檢查 | 132 | 3萬～15萬 | 勞動基準法第80條 |
主要違規項目集中在工時管理與工資給付。
實際進行勞動檢查時，通常也會依照以下流程有效率地進行查核。
1. 出勤紀錄與薪資明細
依《勞動基準法》第30條第1項第5款規定，雇主須保存員工出勤紀錄5年。
無論採用系統、Excel或手寫方式皆可，但出入門禁紀錄並不等同於出勤紀錄，原因在於，為了核對加班費等薪資給付情形，必須保存純粹反映實際工作時間的紀錄。
2. 是否連續工作7日
台灣採行由「休息日」及「例假日」組成的完整週休二日制度，休息日經勞資雙方同意後可以出勤，但例假日原則上禁止工作。
也就是說，若出勤紀錄顯示連續7天皆有打卡即可能被認定於例假日工作，因此若企業以門禁出入紀錄作為出勤管理方式，非工作日的進出紀錄也可能被誤認為工作時間。
3. 是否適用正確的加給倍率
以下為以時薪為基準的加班費加給倍率概要。
如前所述，除天災等特殊情況外例假日原則上不得安排員工工作，即使依法支付加班費，也無法因此免除違法責任。
| 工作日 | 國定假日 | 休息日 | 例假日 | |
|---|---|---|---|---|
| ～8h | N/A | +1日工資 | (～2h) +134%/h (3～8h) +167%/h |
+1日工資+補休 |
| ～10h | +134%/h | +134%/h | +267%/h | +200%/h+補休 |
| ～12h | +167%/h | +167%/h | +267%/h | +200%/h+補休 |
| 備註 | - | - | 補休→依實際工作時數給予 加班費→依加給倍率計算 |
原則上不得工作（天災、事變等除外） |
4. 是否召開勞資會議
企業如欲實施加班，必須事先取得勞資雙方同意，否則即屬違法。
員工人數為3人以下時可採個別同意方式，若員工達4人以上，則須經由勞資雙方等額代表組成之勞資會議取得同意。
開勞資會議須完成以下程序，未依程序進行的會議，不得視為合法的勞資會議。
・由勞工選舉產生勞方代表
・向主管機關申報勞資雙方代表名冊（以台北市為例：向勞動局申報）
・通知勞資雙方代表召開勞資會議
・通知勞資雙方代表會議議題
・召開勞資會議
・製作勞資會議紀錄，並於公司內部妥善保存