由於台灣的勞動相關法令與日本有所不同，因此在管理上須特別留意，以避免在不知情的情況下違反法令。 其中，日常經常發生的加班情形，更應特別重視法遵（compliance）問題。
以下列舉常見的加班不當處理案例：
(1) 未召開勞資會議
當公司需安排加班時，應先由勞資雙方代表在勞資會議中協商並達成共識。 僅有在完成此程序後，雇主才可以發出加班指示，員工亦可依此提出加班申請。 此外，即使先前已有勞資會議決議，在實際執行加班前仍須取得員工個別同意，不得以任何理由強迫加班。
(2) 未給付管理職加班費
在日本，管理職不支給加班費的情況相對常見；但在台灣，這樣的做法很可能違反《勞動基準法》。 台灣的法律原則為：所有受僱者皆受《勞動基準法》及其他勞動相關法令的保障，即便公司因職務性質或責任制度彈性安排工時，亦不得因此免除加班費的給付義務。 （參考：責任制度相關文章連結）
(3) 僅提供補休、不給加班費
加班費屬於勞工依法享有的報酬，雇主不得以任何理由剝奪。 若雇主未支付加班費，僅提供補休，可能涉及侵害勞工權益。 需特別注意的是，加班費應依照加班日的性質（如平日、休息日、國定假日等）按不同加成比例計算；而補休則為以實際加班時數進行等時數替代。
(4) 計算加班費時未納入基本薪資以外的工資項目
加班費應以「經常性給予總額」作為計算基礎。 除基本薪資外，如伙食津貼（多數企業發放且屬免稅項目）、通訊津貼等固定性津貼，亦應納入加班費的計算範圍。
(5) 僅在加班滿 1 小時後才給付加班費
依據勞動部規定，出勤紀錄及加班時數應以分鐘為單位進行計算。 雖然部分企業基於管理便利，實務上採用每 15 分鐘或 30 分鐘為單位記錄， 但只要屬於正常工時以外的勞動時間，雇主即有義務支付加班費。
(6) 以錯誤加班倍率計算加班費
例如，平日加班時，《勞動基準法》規定應以時薪乘以1又1/3（或2/3）的加成比例。 在將分數換算為小數時，須嚴格遵守法定標準，不得四捨五入或略為不足。
正確範例：時薪 × 1.34（或 × 1.67）
錯誤範例：時薪 × 1.33（或 × 1.66） ← 未達法定倍率標準為違法。
（參考：《勞動基準法》第24條）
(7) 安排員工例假日出勤
台灣實施完全週休二日制度，週休日區分為兩種類型：
休息日：可安排出勤，但須給付高於平日法定標準之加班費。
例假日：原則上不得安排出勤，僅於天災等特殊情況例外。
因此，每週至少應有 1 天為「例假日」，不得排班出勤。若員工出現連續 7 日出勤紀錄，企業可能已違反勞基法。 但若企業依法採行「變形工時制度」（如 2 週／4 週／8 週變形工時），部分行業可不適用上述例假日規定。
(8) 出差移動時間之加班（依情況而定）
依規定，每日工時上限為 12 小時、每月加班總時數上限為 46 小時，若超出限制，企業可能面臨行政處分。 當出差移動時間落於正常工時之外時，若其具有加班事實，可能導致超時工作，進而違法。 因此建議企業，針對因公出差產生之非工作性質移動時間，可考慮改以「出差津貼」方式補償，較為妥當且符合法規。
（參考：出差津貼相關文章連結）